На данный вопрос Минфин ответил в своем Письме от 11.03.2019 № 03-11-11/15310.

Неважно, где проживает самозанятый: в субъекте — участнике эксперимента или нет. Имеет решающее значение, чтобы при регистрации в качестве самозанятого такое физлицо выбирает как место ведения деятельности субъект, включенный в эксперимент. Ведомство рассматривало ситуацию, когда самозанятый оказывает услуги в регионе, где введен НПД, и в регионах, где он не действует.

Частью 1 статьи 2 Федерального закона установлено, что применять специальный налоговый режим «Налог на профессиональный доход» вправе физические лица, в том числе индивидуальные предприниматели, местом ведения деятельности которых является территория любого из субъектов Российской Федерации, включенных в эксперимент.