По закону, налогоплательщики
на УСН при переходе на общий
режим вправе принять к вычету НДС, не вычтенный из налоговой базы при
применении «упрощенки». Однако из этого правила есть исключения. Если
налогоплательщик в период приобретения основных средств применял УСН с объектом
«доходы», то понесенные расходы (в том числе и по уплате НДС) он не должен учитывать
при определении налоговой базы.

И даже если в этот
период налогоплательщик не заявлял вычеты по НДС либо не включал их в состав
расходов по УСН в связи с отсутствием оснований для этого, это не означает, что
он вправе заявить НДС к вычету после перехода на общую систему. Ведь до
перехода на общий режим налогоплательщик пользовался другим преимуществом –
пониженной налоговой ставкой.

Эти разъяснения ФНС России опубликовала на своем официальном сайте.