Министерство финансов Российской Федерации в письме от 17.08.2016 № 03-07-03/48174 рассмотрело ситуацию, в которой Обществом уплачен налог на добавленную стоимость по ставке 18% на основании счетов-фактур с выделенной суммой налога на добавленную стоимость по операциям, не подлежащим налогообложению (освобожденным от налогообложения). В ходе контрольных мероприятий налоговыми органами установлено, что Поставщиками перечисленная Обществом данная сумма налога на добавленную стоимость не уплачена в бюджет.

Финансовое ведомство считает, что в таком случае в бюджете отсутствует источник для возмещения Обществу налога на добавленную стоимость.

Дополнительно Минфин России указывает, что Общество не лишено права обратиться к своим поставщикам и потребовать от них возврата необоснованно перечисленных им сумм в качестве неосновательного обогащения с начислением процентов за пользование указанными денежными средствами, о чем и было указано в Определении Верховного Суда Российской Федерации от 05.10.2015 № 305-КГ15-10553.

Аналогичная позиция изложена Федеральной налоговой службой в письме от 10.08.2016 № СД-18-7/843@.