Если налогоплательщик представил уточненную налоговую декларацию, в которой указал сумму налога меньше ранее заявленной, то налоговый орган вправе провести повторную выездную налоговую проверку. В данном случае, в рамках этой повторной выездной налоговой проверки проверяется только период, за который представлена уточненная налоговая декларация (п. 10 ст. 89 НК РФ).

Налогоплательщик обратился в ФНС России с жалобой на решение налогового органа о назначении повторной выездной налоговой проверки. В ходе рассмотрения жалобы ФНС России пришла к выводу, что показатели уточненной декларации необходимо сравнивать не с предыдущими корректирующими декларациями, а с суммами налога, которые являлись предметом рассмотрения при первичной выездной налоговой проверке. Иначе это может привести к манипуляциям с уточненными декларациями для избежания повторной выездной налоговой проверки и возникновению ситуаций, когда фактически происходит изъятие из бюджета суммы уплаченного налога без возможности проведения соответствующей проверки.

Довод налогоплательщика о пропуске налоговым органом срока на проведение повторной выездной налоговой проверки также оставлен без удовлетворения, так как НК РФ не определен срок ее назначения, в случае, если налогоплательщик представил уточненную налоговую декларацию с меньшей суммой налога.

Позиция Федеральной налоговой службы поддержана в судебных актах по делу № А40-213572/2015.